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Le Guerno est un démembrement de l’ancienne paroisse de Noyal-Muzillac.
L’ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem y fonde une aumônerie mentionnée dans une charte en 1160 sous le nom de » Eleemosina de Guernou » , ainsi qu’une chapelle qui abrite un fragment de la Vraie-Croix. Cette aumônerie, qui possédait fief et droit de justice, est réunie par la suite à la commanderie de Carentoir.
En 1388, des indulgences sont accordées à Guerno par le Saint-Siège. La frairie du Guernou (Le Guerno) est érigée en commune distincte de celle de Noyal-Muzillac en 1790 (commune du canton de Péaule, avant d’être incorporée, en 1801, à celui de Muzillac) et en paroisse en 1802.
A un kilomètre au nord du bourg, on a trouvé en 1843, en ouvrant le chemin vicinal de Questembert, une très grande quantité de briques romaines, provenant sans aucun doute d’antiques constructions. Au moyen âge, les Chevaliers ou Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem eurent ici une aumônerie. Dans une charte de confirmation des biens de l’ordre, en Bretagne, en 1160, le duc Conan IV la mentionne formellement : Eleemosina de Guernou (Pr. I. 638). Après la suppression des Templiers en 1312, et l’attribution de leurs biens aux Hospitaliers, l’aumônerie du Guerno fut annexée au Temple de Carentoir, et porta elle-même par extension le nom de temple (Joseph-Marie Le Mené – 1891).